Для открытия базы данных выбираем File - Open Database и выбираем соответсвующий файл .db . Если файл не открывается, перемещаем его в корень диска C: и пробуем открыть снова.
Для просмотра всех записей в базе данных выбираем закладку Query и в меню Search - Retrieve All. Промотка по записям осуществляется стрелками слева или клавишами PageUp или PageDown.
Для поиска по структуре нажимаем кнопку "Query". Кликаем по полю "Structure", чтобы вызвать ISIS/Draw. Изображаем требуемую структуру. Переходим в ISIS/Base (крайняя левая кнопка). Search - Current Mol (для поиска конкретной структуры) или SSS (для поиска чего-либо похожего, напр. структурных фрагментов, оно же ищется по команде Search - By form).
Для поиска по другим условиям нажимаем кнопку Query. Набираем в соответсвующих полях формы значения, которые там должны содержатся (например, брутто-формулу) и выбираем Search - By form. Для поиска части названия в соответствующем поле набираем like "%часть названия %" и выбираем Search - By form.